2024年1月23日，成都赜灵生物医药科技有限公司董事长兼首席科学家陈俐娟教授团队在化学信息学和计算模拟研究的顶级期刊Journal of Chemical Information and Modeling (J. Chem. Inf. Model., JCIM)上成功发表文章《Local Scaffold Diversity-Contributed Generator for Discovering Potential NLRP3 Inhibitors》。
目前，深度生成模型已被广泛应用于从头药物设计中。在当前分子生成的多目标优化模型中，当引入多个约束时，分子的骨架多样性会受到限制。为了提升分子骨架多样性，陈俐娟教授团队在此提出了一种局部骨架多样性增强的分子生成模型（LSDC），它可用于生成能够满足多种约束的先导化合物。与目前先进的方法相比，LSDC生成的核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3（NOD-like receptor protein 3，NLRP3）抑制剂更具多样性。文中展示了12个LSDC生成的分子，其中一些骨架是从未报道的。通过对选定骨架进行修饰和生物活性测试，发现了两种有效的NLRP3抑制剂A22和A14，IC50值分别为38.1 nM和44.43 nM。并且化合物A14的口服生物利用度非常高(F在小鼠中为83.09%)。这项工作有助于发现新型NLRP3抑制剂，并为AI生成算法与湿实验的结合提供了参考。赜灵团队提出LSDC来生成更具多样性的先导化合物，这项研究不仅有助于发现新的NLRP3抑制剂，也可以应用到其他难成药靶点的分子生成。
赜灵生物积极探索人工智能、云计算、大数据等技术在新药研发领域的应用，通过对生物学数据挖掘分析、模拟计算，提升新靶点和新药物的发现效率，促进人工智能赋能新药研发，发挥降本增效的作用，促进我国人工智能技术的快速发展。赜灵生物依托最新的深度学习算法、结构生物学、计算化学、药物合成以及高通量筛选技术搭建的人工智能驱动变构调节剂与新药研发一体化平台AlloMolTM，已在多个新药项目中取得重要突破。
关于JCIM
Journal of Chemical Information and Modeling (J. Chem. Inf. Model., JCIM)是美国化学会旗下，专注于化学信息学和计算模拟研究的顶级期刊之一。创刊于1961年，最开始的名字为Journal of Chemical Documentation (JDC)，1975年更名为Journal of Chemical Information and Computer Sciences (JCICS)，2005年更名为现名JCIM。60年来，JCIM见证着包括化学、生物学和计算机科学交叉的新兴学科领域的诞生和发展，发表了许多在药物设计和化学信息学领域具有重要影响力的工作。